Esimese vabakogudusena Hiiumaal sai alguse Kärdla Baptistikogudus 1884. aastal. Selle juured olid Läänemaal levinud usulises ärkamises, mis sai alguse Vormsist ja Noarootsist ning levis sealt peatselt ka Hiiumaale. Algselt iseseisvana ja üsna organiseerimatult tekkinud kogudused said tunda nii rasket tagakiusu võimude poolt kui ka õpetuslikke segadusi ja nii otsustati 1884. aasta talvel võtta ühendust Peterburis juba tegutseva baptistikogudus sakslasest pastori Adam Reinhold Schiewega, kes tuli veebruaris 1884 Haapsalusse, ristis seal esimesed 13 inimest ja asutas Haapsalusse koguduse, mis esialgu töötas Peterburi koguduse osakonnana.
Haapsalus toimunud usuristimisest said kuulda ka hiidlased. Tõenäoliselt ristiti esimesed Hiiumaalt pärit inimesed 1884. aasta jaanipäeva ajal samuti Haapsalus. Juba samal suvel tuli Schiewe Hiiumaale, ristides siin oma sõnade järgi veel rohkem kui 40 inimest. Seega pandi 1884. aasta suvel alus Kärdla baptistikogudusele.
Esialgu käidi koos talutaredes. Kogudus registreeriti ametlikult Tubala küla Tõnise tallu, mille peremeheks oli Nigulas Kalju. Napilt 30 ruutmeetrine tuba jäi aga peagi kitsaks ´kuna koguduseliikmete arv kasvas üle 100. Nii otsustati paluda krahv Ungern-Sternbergilt maad oma palvela ehitamiseks. Väidetavalt plaaniti esialgu ehitada palvela Suuremõisa kui tollasesse majanduselu ja kihelkonna keskusesse. Asukohaks sai siiski Kärdla. See oli tollal väike külake, mis hakkas kiiremini kasvama alles siia ehitatud kalevivabriku ümber. ü Krahv Ungern-Sternberg lubas kogudusel kinkida Kärdlas maatüki ja ka ehitusmaterjali tingimusel, et kogudusse kuuluvad talumehed maksavad krahvile oma rendivõlad.
Kingitud puud asusid Kõpus. Pastor Peeter Kaups endise metsavahina langetas puud ja vedas palgid oma hobusega randa ja sidus parveks. P. Maadik tõi palgid oma laevaga Kärdlasse. Palvela ehitus algas 1895 aasta kevadel ja juba sama aasta septembris avati maja suure pidulikkusega.
Palvelad olid tollal väga lihtsad, võib isegi öelda, et askeetlikud. Madala viilkatusega hoones oli vaid hädavajalik – lihtsad pingid, algselt ilmselt ilma seljatoeta, kantsel koos väikese poodiumiga ja ahi. Palvela koosnes vaid ühest ruumist, millele lisandus pisike eeskoda. Kuid see oli oma hoone, kus koguduse tegevus sai uue hooga edasi minna.
1934. aastaks oli Kärdla koguduses koos osakondadega Hagastes, Laukal ja Vaemlas 534 liiget. Kärdla palvela vajas lisaruume ja nii otsustati 1939. aastal palvelat laiendada. Koosolekute saal säilis sama suurena, kuid katus ehitati kõrgemaks ja hoone otsa ehitati lisaruumid koos väikese korteriga.
Peale Eesti liitmist Nõukogude Liiduga oli koguduste töö tugeva surve all. Peale koguduste ümberregistreerimist tekkis olukord, kus Kärdlas oli kaks EKB Liidu kogudust – siia kuulus nüüd ka endine Kärdla nelipühakogudus, mille palvela on Käina maanteel. 1949. aastal otsustasid võimuorganid ühendada kaks kogudust üheks. Tallinnas asuva Usuasjade Voliniku plaani kohaselt pidi koguduse kasutada jääma baptistikoguduse palvela, mis oli suurem ja oleks olnud kogudusele sobivam. Hiiumaa Rajooni täitevkomitee otsis aga hoonet trükikoja jaoks ja soovis just nimelt baptistikoguduse palvelat. Hoolimata Usuasjade voliniku ja EKB Üleliidulise Nõukogu Baltimaade esindaja Levindanto protestidest viidi see otsus täide. 1949. aastal võeti koguduselt suurem palvela ära, kaks kogudust ühendati ja suruti kokku Käina mnt 13 asuvasse nelipühakoguduse palvelasse.
Baptistikoguduse palvemajast saigi esialgu trükikoda, hiljem oli samas majas aastaid Autobaasi nr 15 puidutöökoda.
Kogudus sai oma palvela tagasi 1994. a. väga halvas seisukorras. Esialgu oli plaan vana maja lammutada ja ehitada samale krundile, pisut tahapoole uus palvemaja. Kuna selgus, et vana palvemaja on muinsuskaitse all, siis seda lammutada ei tohtinud. Vana välisvoodri eemaldamisel selgus ka, et palkseinad olid päris heas seisukorras. Hoone taastamist alustati 1999. aastal. Kuna oli muinsuskaitse all, anti luba teha ümberehitusi ainult maja sees, kuid välisilme tuli säilitada 1939.aasta remondile järgnenud kujul. Esialgu ei suudetud rohkem, kui eemaldada vanad voodrilauad, asendada mõned pehkinud palgid uutega, ajada seinad sirgeks ja panna suuremale osale majast uus katus. 2002.aastal kannatas pooleliolev hoone naaberkrundil süttinud tulekahju läbi. Töid saadi jätkata alles 2004.aasta sügisel, mil kogu maja sai katuse, uued aknad-uksed ja välisvoodri.
2005. aasta suveks oli palvela välisilme säilinud ennesõjaaegsel väliskujul. Remonditöödeks saadi toetust nii muinsuskaitselt, väliseestlastelt, sõpruskogudustelt kui muidugi ka kristlaste annetustelt nii Hiiumaalt kui kaugemaltki Eestist. Remonditööd lõppesid 2007. aastaks. Hoone peasaal säilis endisaegses suuruses, kuid sisse ehitati rõdu. Palvelas on ruumi pühapäevakooli jaoks, väike köök, tualettruumid, kõrvalhoones asub katlamaja, puukuur ja panipaik.
Pika ajalooga hoone on väärikalt taastatud ja teenib kogudus edasi ka XX! Sajandi tingimustes.